為因應近年來我國與東南亞各國在經濟、文化上的密切交流需求，並響應政府新南向政策，外國語文學院遂整合校內東南亞語文師資及東南亞研究資源，於106學年度設立東南亞語言與文化學位學程，藉以培育國內長期以來所缺乏的東南亞語文專才。學程成立初期配合人才需求，擇定以越南語文為主修語言；自110學年起，因應教學資源及未來展望，分為越文組、泰文組、印尼文組招生；自113學年起，配合師資結構及課程規劃，轉型為東南亞語文學系。
本系在整體規劃上以主修語言為核心，帶領學生深入理解其文明的脈絡及發展。另規劃第二東南亞語言課程，並鼓勵學生持續強化英文能力，以培養跨文化、跨語言的國際視野及溝通能力。除語言的聽、說、讀、寫、譯訓練外，並透過文學、文化、歷史、社會、政治、外交、經濟等專業課程，增進學生對於越南、泰國、印尼及東南亞區域整體的瞭解及研究興趣，建立跨領域知能。
同時，本系亦積極與校內相關系所，如歷史系、民族系、宗教所、東亞所、外文中心等，及國外學術單位，如美國北伊利諾大學東南亞研究中心、越南河內國家大學所屬人文社會科學大學、外語大學、胡志明市國家大學所屬人文社會科學大學、泰國朱拉隆功大學、法政大學、瑪希敦大學、他信大學、印尼日惹大學、艾爾朗加大學等，藉由合開課程、交換及客座教師學者、暑期密集課程及沉浸式語言課程，豐富學生的學習資源。
